El Centro de Innovación Docente dispone de dos órganos colegiados asociados que se encargan de marcar sus directrices de actuación y asesorar y apoyar las acciones que en el mismo se realizan. Por una parte, cuenta con la Junta de Centro que tiene como funciones establecer la organización y coordinación de sus actividades y su programación. Por otra con el Comité de Innovación Docente que tiene la función de apoyar y asesorar al Área de Innovación Docente y realiza sus tareas en el marco de las Convocatorias de Proyectos de Innovación Docente y de OCW.