La norma de referencia del C1NND es el Reglamento de organización y funcionamiento del Centro de Innovación Docente de la Universidad de Oviedo. Es la disposición que estipula sus actividades y objetivos y regula su organización y funcionamiento. Entró en vigor el 20 de abril de 2018.
Respecto a su organización, el Centro cuenta con un Director o Directora y una Junta de Centro. El primero se encarga de representar al Centro y dirigir sus actividades y gestiones económicas y administrativas. La Junta aprueba las directrices de actuación del C1NND, sus criterios básicos de organización, elabora la propuesta de programación general de actividades y aprueba la memoria anual, además de asesorar al Director o Directora en los asuntos de su competencia.